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- Annecy – Centre des maladies rares de la peau et des muqueuses d’origine génétique (MAGEC SUD)
- Annecy – Centre des maladies rhumatologiques inflammatoires, des maladies auto-immunes et interféronopathies systémiques de l’enfant (RAISE)
- Annecy – Centre des syndromes hyperéosinophiliques (CEREO)
- Chambéry – Centre des maladies auto-immunes et auto-inflammatoires systémiques rares de l’adulte Est et Sud-Ouest (RESO)
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- Clermont-Ferrand – Centre de la mucoviscidose et affections liées à une anomalie de CFTR
- Clermont-Ferrand – Centre de l’amylose AL et autres maladies par dépôt d’immunoglobulines monoclonales
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- Clermont-Ferrand – Centre de l’hypertension pulmonaire (PulmoTension)
- Clermont-Ferrand – Centre de neurogénétique et des maladies génétiques rares du système nerveux
- Clermont-Ferrand – Centre des affections chroniques et malformatives de l’oesophage (CRACMO)
- Clermont-Ferrand – Centre des angidèmes à kinines (CREAK)
- Clermont-Ferrand – Centre des anomalies des membres (CeRefAM)
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- Clermont-Ferrand – Centre des anomalies vasculaires superficielles
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- Clermont-Ferrand – Centre des dysplasies fibreuses des os et syndrome de McCune-Albright (DFO)
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